Mezi hlavní novinky v této nové verzi patří možnost odsazení popisku o určitou vzdálenost od bodu popisu, možnost vypnutí a zapnutí okna projektu, rozdělení vícedílných geoprvků na samostatné geoprvky a vylepšená identifikace mapových prvků.
Kristýna GIS 3.1 dále obsahuje nové bodové a plošné symboly a umožňuje nastavení stylu legendy. Vznikly také nové metody ve skriptovacím jazyce Kristýny. Poslední novinkou je lepší řízení rychlosti a kvality vykreslování výkresu.